Das Echte Tausendgüldenkraut kommt in allen Landesteilen vor, aber nicht häufig. In den höheren Lagen der Schwäbischen Alb und des Schwarzwalds fehlt es.
Das südliche Alpenvorland ist neben den Gäulandschaften, den Keuper-Liasgebieten und der Vorbergzone des Schwarzwalds ein Verbreitungsschwerpunkt des Echten Tausendgüldenkrauts.
Im Alpenvorland gilt der Gelbe Enzian als ausgestorben. Antreffen kann man ihn am ehesten auf der Schwäbischen Alb und, seltener, im Schwarzwald.