Die Verbreitungsschwerpunkte der Kleinen Sommerwurz sind das Bodenseegebiet und der Hegau, in den anderen Naturräumen kommt sie nur selten vor oder fehlt ganz.
Die Nelken-Sommerwurz fehlt im Alpenvorland weitgehend. Ihre Hauptverbreitungsgebiete sind die Schwäbische Alb, die Baar und der Hegau.